Studijní plán magisterského programu "Ochrana životního prostředí" umožňuje prohloubení znalostí získaných během bakalářského studia a specializaci posluchačů v některém z hlavních směrů environmentální problematiky: atmosféra a ochrana ovzduší, ochrana a využívání vodních zdrojů, aplikovaná ekologie a ochrana přírody, studium biologické diverzity, rekultivace a revitalizace, nakládání s odpady a jejich zneškodňování, kontaminace a analýzy složek prostředí, zdravotní aspekty ochrany prostředí a další. Téma diplomové práce je možno vybrat především z nabídky vědeckopedagogických pracovníků ústavu, ale i z nabídek spolupracujících institucí, zejména Akademie věd České republiky, či některých odborných pracovišť resortních ústavů (např. Český hydrometeorologický ústav, Výzkumný ústav vodohospodářský TGM).
Absolventi se uplatňují ve státní správě, soukromé konzultační a expertní činnosti, v základním i aplikovaném výzkumu. Jsou schopni řešit i náročné úkoly v oblasti kvality složek prostředí, analýzy škodlivin v prostředí, managementu chráněných území, odpadů, skládek, čištění odpadních vod i vztahů zdraví člověka a prostředí. Jsou připraveni účastnit se i přípravy plánů a strategií v oblasti ochrany životního prostředí na národní a regionální úrovni. Úspěšní absolventi magisterského studia se zájmem o badatelskou práci se mohou ucházet o doktorské studium v rámci nově akreditovaného programu „Environmentální vědy“.
Orientační studijní plány (seznam přednášek) pro jednotlivé studijní programy najdete zde.