Program se zabývá mikrobiologickými tématy důležitými pro současnou biologii, medicínu i vědy o životním prostředí: 1) biologií mikroorganizmů a jejich genetickým potenciálem, 2) mikroorganizmy jako původci nemocí a 3) mikroorganizmy jako klíčovými organizmy pro cyklus biogenních prvků na Zemi. Program pojednává mikrobiologii v nejširším rozsahu, od molekulární úrovně až po úroveň přírodních společenstev mikroorganizmů. Program poskytuje přednášky pro dobré teoretické zázemí v mikrobiologii a praktická cvičení s širokým rejstříkem moderních mikrobiologických metod. Specializační přednášky i cvičení se věnují klinickým nebo biotechnologickým aplikacím a často k nim přímo nebo nepřímo míří i témata zadávaných prací. Témata diplomových prací obecně odrážejí víceúrovňový přístup v mikrobiologii v rozsahu od molekulární a buněčné úrovně modelových mikroorganizmů přes interakce patogenních mikroorganizmů s hostitelem až ke studiu přírodních společenstev mikroorganizmů.
Mikrobiologie se v současné době bouřlivě rozvíjí a její výzkum i praktické aplikace nabízejí mnoho příležitostí absolventům - jak v akademické sféře, tak v průmyslu. Program dobře odpovídá na současnou poptávku po absolventech Mikrobiologie tím, že je všestranně připravuje jak pro základní výzkum, tak pro praktické aplikace, které vždy propojuje s teoretickým zázemím. Absolvent se uplatňuje především na domácích i zahraničních vysokých školách a ve vědeckých ústavech zabývajících se základním a aplikovaným mikrobiologickým výzkumem. V neakademické sféře se uplatňuje v aplikovaném výzkumu na vývojových pracovištích a v podnikových laboratořích. Jde nejčastěji o tyto aplikační oblasti: biotechnologická a farmaceutická produkce, klinická mikrobiologie - molekulární a biochemická diagnostika infekčních onemocnění, potravinářská mikrobiologie, bioremediace, vodohospodářství.
Orientační studijní plány (seznam přednášek) pro jednotlivé studijní programy najdete zde.